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El Centro de Ciencias Básicas surgió desde el nacimiento de la Universidad Autónoma de Aguascalientes, el cual en esos momentos agrupaba las disciplinas relacionadas con las ciencias sociales y naturales, lo anterior se mantuvo hasta 1977, año en el cual la universidad tuvo una reestructura muy importante. Para este año se creyó conveniente que solamente las ciencias naturales pertenecieran a este centro.

Desde entonces el Centro de Ciencias Básicas fue el encargado de mantener la docencia, investigación y extensión relacionadas a las ciencias físicas y naturales. En un principio, estaba formado por cuatro departamentos: Biología, Química, Matemáticas y Física, y Ciencias Sociales.

Este centro nació sin ningún PE, únicamente impartía apoyo a los Programa Educativo (PE) que requerían de alguna materia relacionada. El primer PE con el que contó el centro fue Sociología, pero con la reestructuración de 1977, las disciplinas sociales pasaron al recién creado Centro de Artes y Humanidades y con ellas el PE de Sociología, pero al mismo tiempo se adjudicaron a este centro otros departamentos que en un principio estaban asignados al entonces llamado Centro Biomédico, en este tiempo el centro se compuso de los siguientes departamentos: Matemáticas y Física, Morfología, Biología, Microbiología, Ing. Bioquímica, Química y Fisiología y Farmacología. Con esta reestructuración el PE de Biología pasó a este centro, pues el mayor porcentaje de materias de la curricula de este PE estaban adscritas a éste.